El modo que tiene tu hijo de colorear los dibujos utilizando todos los colores es normal en los niños pequeños, incluso te diría que revela un toque de creatividad.
Más adelante empezará a pintar por sí mismo de un modo más realista, pero por ahora lo más recomendable es dejar que utilice los colores a su antojo y experimente con ellos.
No olvides elogiar sus dibujos incondicionalmente, sin coaccionarle ni imponerle tus criterios de adulto, supuestamente correctos. Te sorprenderá comprobar que ha habido tendencias vanguardistas en pintura que han utilizado los colores de modo similar a como lo hace tu hijo. No te preocupes, no es síntoma de nada alarmante.